มูราซากิเกิดเมื่อราว ค.ศ.973 ในนครหลวงเฮอันเคียว เธอเกิดในครอบครัวขุนนางเล็กๆที่เป็นสาขาทางเหนือของตระกูลฟุจิวาระอันยิ่งใหญ่

แม่ของมูราซากิเสียชีวิตตั้งแต่เธอยังเด็ก ดังนั้นมูราซากิได้รับการเลี้ยงดูมาอย่างแตกต่างตรงกันข้ามกับเด็กในยุคนั้น บิดาของเธอ ฟุจิวาระ โนะ ทาเมโทคิ (Fujiwara no Tametoki เสียชีวิตราวปี ค.ศ. 1029) เป็นบัณฑิตและข้าราชสำนัก ในกรมราชพิธี หรือชิกิบุโช ต่อมาบิดาของเธอย้ายไปรับราชการที่หัวเมืองต่างๆ (เช่น ฮาริมะ, เอจิเซ็ง) มูราซากิติดตามบิดาไปที่เอจิเซ็นด้วยใน ค.ศ. 996 และ เอจิโงะ (Echigo)

ในสมัยเฮอันนั้น คู่สามีภรรยาจะใช้ชีวิตแยกบ้านกันอยู่และลูกจะได้รับการเลี้ยงดูจากมารดาและญาติทางตระกูลของมารดา หญิงสมัยนั้นจะไม่เขียนอักษรจีน แต่จะอ่านเขียนด้วยอักษรคานะและการโคลงกลอนร้อยกรองของญี่ปุ่น แต่มูราซากิความรู้เรื่องวรรณกรรมคลาสสิกของจีนในยุคนั้น อีกทั้งยังอ่านเขียนตัวจีนได้

จาก บันทึกของมูราซากิ ชิกิบุ เธอได้บันทึกไว้ว่า เมื่อตอนเด็กๆ ขณะที่บิดาสอนวรรณกรรมคลาสสิกของจีนให้พี่ชาย เธอนั่งอยู่ข้างๆ และเข้าใจบทเรียนที่พี่ชายของเธอเรียนด้วยความยากลำบากได้อย่างง่ายดาย [2] บิดาของเธอชื่นชมสติปัญญาความเฉลียวฉลาดของเธอ และรู้สึกเศร้าใจเพราะเสียดายในความสามารถที่มาพร้อมกับชาติกำเนิดที่เป็นหญิงแทนที่จะเป็นชาย ซึ่งในสมัยนั้น ความเป็นชายที่มาพร้อมกับพรสวรรค์ข้างต้นจะส่งผลให้มีความก้าวหน้าในชีวิตมากกว่า

มูราซากิ ชิกิบุ แต่งงานกับ ฟุจิวาระ โนะ โนบุทากะ (Fujiwara no Nobutaka) ในราว ค.ศ.998 หรือ 999 และเป็นหม้ายเพราะสามีเสียชีวิตลงในปี 1001 มีบุตรสาวด้วยกัน 1 คน ซึ่งอาจจะเกิดราวปี ค.ศ.999 ชื่อว่า คาตาโกะ(Katako) หรือ เคนชิ (Kenshi) ต่อมารับราชการในวังและเรียกขานกันในนาม ไดนิ โนะ ซัมมิ (Daini no Sammi) และบุตรสาวของเธอ อาจจะเสียชีวิตราวปี ค.ศ. 1080

ราวปี ค.ศ. 1006 มูราซากิ ชิกิบุ ได้รับการเรียกตัวเพื่อไปรับใช้ใกล้ชิด จักรพรรดินี อากิโกะ หรือ โซชิ โดยการว่าจ้างจาก ฟุจิวาระ มิจินางะ (Fujiwara Michinaga) ขุนนางผู้ยิ่งใหญ่แห่งยุค เพราะความสามารถทางด้านการประพันธ์นวนิยาย และหลักฐานสุดท้ายที่กล่าวถึงมูราซากิ ชิกิบุ บันทึกใน ค.ศ. 1013 และเธออาจจะเสียชีวิตในปีถัดมา (ค.ศ. 1014)